До последнего времени остается нерешенным ряд научных проблем грибоводства. Еще недостаточно разработаны методы селекции новых урожайных, болезнеустойчивых (особенно вирусоустойчивых) штаммов шампиньона двуспорового и других видов съедобных грибов; отсутствует районирование штаммов для разных республик.

Недостаточно изучены вопросы приготовления качественных синтетических компостов с использованием непищевых отходов сельскохозяйственного производства и промышленности, влияние этих компостов на рост, развитие плодоношения, урожайность, габитус и качество плодовых тел различных штаммов; слабо изучены биохимический состав, питательная ценность и усвояемость плодовых тел различных видов и штаммов грибов, что препятствует дальнейшему росту производства грибов в нашей стране.

Эра антибиотиков открыла принципиально новые пути выращивания мицелиальных грибов на промышленной основе. В частности, широко применяется глубинное культивирование. Этот метод создает широкие перспективы для использования съедобных грибов как продукта пищевого белка, биологически активных веществ, а также для быстрого получения маточного мицелия для выращивания плодовых тел съедобных грибов.

Глубинное культивирование позволяет также интродуцировать в культуру многочисленные виды ценных съедобных грибов, например микоризных, которые из-за своих биологических особенностей не могут пока образовывать плодовые тела в искусственных условиях. Глубинное культивирование является перспективным для получения в крупных масштабах грибницы высших съедобных базидиальных и сумчатых грибов на промышленной основе на дешевых и недефицитных субстратах, что обеспечивает экономичность такого способа получения грибного белка. Исследования по выращиванию съедобных грибов глубинным методом на основе микробиологической промышленности показали возможность интродуцировать в глубинную культуру съедобные грибы, используя для их культивирования в качестве питательного субстрата отходы промышленности и сельского хозяйства.

Принципиальное значение имело установление у ряда видов сходства химического состава плодовых тел и культурального мицелия, выращенного глубинно на благоприятных питательных средах. Это решает проблему психологического барьера, который неизбежно возникает, если для пищевых целей предлагают использовать белок микроорганизмов, не привычных для человека! В этом отношении высшие съедобные грибы представляют неоспоримое преимущество перед бактериями, актиномицетами, плесневыми грибами и т. д. Было также показано, что, воздействуя на условия культивирования, можно улучшать в получаемом мицелии такие важные биохимические показатели, как содержание белка, отдельных аминокислот, липидов или других компонентов.